中国社科院近代史研究所研究员刘小萌表示，中国古代北方游牧、渔猎民族，包括蒙古、满族、突厥等民族的原始信仰是“万物有灵”，并以“长生天”为最高信仰。狼只是“万物”的一部分，如果非要把蒙古人对狼的信仰单独提炼和拔高，这种夸大是不科学的。而且先民的图腾信仰并不仅仅是表达赞美和欣赏，一些游牧民族把狼、豹、熊这样的猛兽作为图腾，表达的是一种恐惧心理。

    刘小萌说：“文学作品允许发挥主观创造性的虚构，但不能违背起码的历史记载和牧区的实际生活。小说里提到牧民的天葬是为了让狼吃掉尸体来完成升天的过程，事实上，牧民最理想的天葬是由鹰将尸体啄食，其次才是走兽啃食，最忌讳的是保留完尸。在内蒙古民俗里，鹰的地位远比狼要崇高，因为鹰对牧民的生活不造成危害，相反，我在内蒙古插队五年，从未听到牧民对狼有一句好话。狼只要一有接近羊群的机会，即便它已经吃得很饱，也要把所有羊的喉咙咬断致死。狼的本性在我看来，就是凶残、暴戾、贪婪。”

    同为内蒙古知青的《血色黄昏》作者老鬼也表示：“不只是我，身边所有到过内蒙古牧区插队的老知青们，也都接受不了这本书。因为它虚构了一个事实，虚构了一种文化。蒙古族牧民非但不以狼为图腾，而且对狼是格杀勿论的。”

    同时，另一部分批评者对《狼图腾》中反复影射“游牧民族与农耕民族优劣论”表示不满，而作者提出西方文明因为具有与游牧民族一样的“狼性”而强盛不衰，更让一些学者觉得匪夷所思。

    中国社科院民族所科研处处长邸永君认为，在中华文化体系中，黄帝代表游牧，炎帝代表农耕，这两种文明经过撞击融为一体，衍生成为中华民族的人文始祖。但这两个文明绝对不是并列的关系，农耕文化一直是中华民族的主流，而游牧文化只是支流和补充，这是没有争议的。而西方文明进入国门，给中华文明体系造成了巨大冲击，绝不是一味依靠野蛮的“狼文化”，而主要来源于经过不断取舍组成的“拼盘文化”，其中包括古希腊的科学技术、古罗马的法制和希伯来的宗教，从而形成更高层次的“工业文明”，这与游牧文明相隔甚远，根本不是一回事。