司马迁在《史记·儒林列传》中的确说秦始皇“焚诗书，坑术士”，而且还透露诽谤秦始皇的侯生与卢生并非儒士，而是两个专门替秦始皇寻找长生不老药的“方士”。况且，“坑儒”是秦始皇去世一百多后才出现的说法，于是有人说“坑儒”应是西汉文人出于对秦始皇暴政的愤怒而强加给他的不实之词。

　　但是，那些给秦始皇翻案的人忽略了《史记·儒林列传》的一个细节。秦始皇“焚书坑儒”之后，其长子扶苏谏道：“天下初定，远方黔首未集，诸生皆诵法孔子，今上皆重法绳之，臣恐天下不安。唯上察之。”他的意思是说，如今天下初定，远方的人民未必心服。这些儒生都是学习孔子的，陛下这么严厉地惩罚他们，我怕天下百姓因此而恐惧不安。
   
　　此时的秦始皇根本听不进逆耳之言，闻谏大怒，把扶苏赶出咸阳，让他到北方蒙恬的军中做监军。此举，导致了后来的沙丘之变。
   
　　司马迁在详细记载秦始皇咸阳坑儒一事时，只是笼统地说是“诸生”，并未明确说明坑的都是儒生。扶苏在进谏时，把“诸生”的意思给解释明白了：“诸生皆诵法孔子。”也就是说，“诸生”是儒家代表人物孔子的徒子徒孙，是孔门弟子，指的就是儒生。
   
　　当然，因为秦始皇喜鬼神之事，派人到处求仙药，于是有一些儒生便投其所好，摇身一变成为方术之士，借此博取荣华富贵。秦始皇坑掉的“诸生”中，很可能包括许多方士化的儒生，所以司马迁才说秦始皇“焚诗书，坑术士”。不管怎么说，当时的方术之士大多数也是些读书人，可算是准儒生。
   
　　由“诸生皆诵法孔子”可知，秦始皇所坑掉的“诸生”中，固然有一部分术士，但大多数是“诵法孔子”的儒生。说秦始皇“焚书坑儒”，并没有冤枉他。
    如果说秦始皇坑杀的都是些装神弄鬼、招摇撞骗的方术之士，这个事件对儒生们的打击可能不会那么沉重，所造成的社会影响恐怕也不会那么恶劣。事实是，“焚书坑儒”事件之后，儒生们纷纷站到了秦始皇的对立面，有的甚至公开参加了反秦起义军。
   
　　司马迁在《史记·儒林列传》中说得很明白：“及至秦之季世，焚诗书，坑术士，六艺从此缺焉。陈涉之王也，而鲁诸儒持孔氏之礼器往归陈王。于是孔甲为陈涉博士，卒与涉俱死。陈涉起匹夫，驱瓦合適戍，旬月以王楚，不满半岁竟灭亡，其事至微浅，然而缙绅先生之徒负孔子礼器往委质为臣者，何也？以秦焚其业，积怨而发愤于陈王也。”
   
　　在司马迁看来，秦始皇焚书坑儒，对当时人们研究“六艺”是个致命打击。陈胜起义之时，山东一带的儒生毅然参加了陈胜的义军，孔子的八代孙孔鲋（字甲）就做了陈胜的博士，后来与陈胜一起遇难。陈胜虽不过是一介民工，但在这些儒生的帮助下，不出旬月便建立了自己的政权。儒生们之所以不顾君臣大义纷纷跟随陈胜造反，就是因为秦始皇的文化专制主义政策剥夺了他们进行学术研究的权利，使他们无以为生，忍无可忍，终于追随陈胜走上了武装反抗秦朝暴政的道路。
   
　　秦始皇焚书坑儒，以为这样一来可以愚天下黎民，保万世江山。不料“坑灰未冷山东乱”，距秦始皇坑儒仅四年，秦始皇梦想要“传至万世”的基业便土崩瓦解了。