震惊中外的几起大案相继出现
   
　　1998年9月8日，中央领导同志在中南海召开会议，决定正式成立由中纪委、公安部、高检院还有广东省有关部门组成的领导小组，由祁培文同志牵头，开始对广东省湛江特大走私受贿案立案查处，代号为“9898案”。
   
　　这起案件的起源是中纪委连续收到大量的群众举报。祁培文首先分析这些举报信，发现都是不同的人在举报同样的几个人，同样的一些事，信中提供了许多可供调查的线索和具体的情况。通过仔细分析后，祁培文坚定地认为这些举报信具有真实性。这个案件性质严重，涉及面很广，对这样一起大案，如果照一般的办案程序，一定是先调查后抓人，避免误抓。但祁培文却反复考虑，若按常规办案，就可能因惊动了一个人，其他的闻风而逃，整个查办工作将非常被动。经过几昼夜的思考研究，他最终做出一个大胆的决定：先抓人。他列出一个需抓捕的10个人的名单。方案经领导小组同意，得到中央领导的认可。最终的事实证明了祁培文当初的准确判断，10个人包括后来被判极刑的李深、林春华、张猗等，无一人错抓。中纪委的这个首个行动方案为之后顺利查办湛江一案打下了非常坚实的基础。
   
　　在湛江案件的办理中，祁培文还冒了一次风险，就是对涉案的160多名公务员的处理，这也被他称为湛江案的难点。这些人中大部分是大学刚毕业分配到海关工作的年轻人，其中不少是博士生和硕士生。祁培文仔细分析这些年轻人收受钱物的情况，他发现在当时的湛江海关，收受走私分子的钱已成一种风气，大家都收你不收，你会被认为是异类。祁培文也是有儿女的人，他是在用父辈慈爱的心情看待这批误入歧途的年轻人。最后，他冒险做出决定，让这些年轻人把事说清楚，把钱交出来，只要彻底交待清楚，确实接受教训，决心悔改，就可先回原单位工作。至于如何处理放在后期。祁培文处理完这事后，怀着一颗忐忑不安的心情向中央领导汇报，没想到中央领导连说了5个“好！”。
   
 　　湛江案还没结束，1999年春天，广西成克杰案露头，祁培文迅速从湛江案中抽出一名办案人员前往广西调查此案。这个案件的关键是怎样抓获长期居住香港的成的情妇李平。祁培文在北京的办公室里，一边指挥湛江案，一边指挥抓捕李平。经过多方努力，最终将李平抓获归案。